Við vöktun vatnshlota er mjög mikilvægt að notað sé viðurkennt vinnulag við alla framkvæmd vöktunar og að fylgja þeim leiðbeiningum sem hafa verið gefnar út. Þannig er hægt að tryggja áreiðanleika gagna og samanburðhæfni niðurstaðna. Leiðbeiningar við sýnatökur eru byggðar á samevrópskum stöðlum og hafa verið aðlagaðar að íslenskum aðstæðum.
Í maí 2023 stóð Umhverfisstofnun fyrir fræðslufundi um sýnatökur á líffræðilegum og eðlisefnafræðilegum gæðaþáttum í vatnshlotum ásamt Hafrannsóknastofnun og Náttúrufræðistofnun Íslands. Fræðslan var ætluð öllum fagaðilum sem þurfa að taka sýni eða kortleggja vistkerfi vatna. Tilgangur fræðslunnar var að samræma aferðarfræði vegna innleiðingar laga um stjórn vatnamála og framkvæmd vatnaáætlunar Íslands. Á fundinum gafst tækifæri til að spyrja út í sýnatökuaðferðir, vali á vöktunarstöðum og fleira.
Hér fyrir neðan eru leiðbeiningarnar sem nota skal við sýnatökur á líffræðilegum og eðlisefnafræðilegum gæðaþáttum strandsjávar, straumvatna og stöðuvatna vegna laga um stjórn vatanmála ásamt upptökum af fræðslufundinum. Á fræðslufundinum voru tvær fyrstu kynningarnar ætlaðar sem almennur inngangur og upplýsingar um það hvernig vatnshlot eru ástandsflokkuð.
Kynning um stjórn vatnamála og tilgangi vöktunar vegna laga um stjórn vatnamála (fræðslufundur haldinn í maí 2023)
Kynning á ástandsflokkun vatnshlota (fræðslufundur haldinn í maí 2023)
Leiðbeiningar um sýnatökur á liffræðilegum og eðlisefnafræðilegum gæðaþáttum í strandsjó ásamt upptökum af fræðslufundi
Leiðbeiningar um sýnatökur liffræðilegum og eðlisefnafræðilegum gæðaþáttum í straum- og stöðuvötnum
Leiðbeiningar um sýnatökur forgangsefna í vatni
Leiðbeiningar um eftirlitsmælingar og vöktun vegna fráveitu